Las gestiones para la creación de la SD Formentera las inició José Costa Guasch, cura de Sant Ferran, en 1966-67. Motivó a muchos jóvenes de Formentera a jugar al fútbol e, incluso, se llegaron a crear pequeños equipos. No fue, sin embargo, hasta el 7 de septiembre de 1971 cuando surgió la primera junta directiva, año de la fundación del club. Su presidente fue Antonio Torres Torres. Se acordó la inscripción de la SD Formentera en la Federació de Futbol de les Illes Balears (FFIB) y la participación en la liga de aficionados de Ibiza en las categorías de primera regional y juveniles (la categoría de infantiles no se incorporó hasta la temporada 1979-80).
Se acordó que el equipaje de la SD Formentera estaría formada por pantalones negros, camiseta roja y medias negras, una equipación que se mantiene a día de hoy. El primer entrenador del equipo formenterense fue Josep Costa Guasch.
A nivel deportivo, las mayores logros alcanzados por este club en la década de los 70 fue el campeonato de la Liga de aficionados de Ibiza en la temporada 1977-78 y el ascenso a Tercera División en la temporada 1978- 79. Otra fecha importante en la primera década de este club fue el 11 de mayo de 1975. El Campo Municipal de Deportes acogió el enfrentamiento entre un Formentera, reforzado con jugadores de Ibiza, que se enfrentó con el Borussia Monchengladbach. Fue precisamente en este partido cuando el jugador alemán Berti Vogts propuso la creación de un campeonato internacional juvenil y que tenía como trofeo simbólico una copa, el Trofeo Formentera.
El club sufrió un cambio importante este siglo, en el que se vivió una transformación importante. En 2004 comenzó una dinámica negativa. Fueron unos años difíciles para el club. No había motivación por parte de los jóvenes. Los aficionados apenas acudían al campo los días de partido y algunos de los entrenadores dejaron sus equipos. De hecho, en 2007 la junta directiva fue disuelta.
El 2 de septiembre de 2007, una gestora se tuvo que hacer cargo del club hasta que se convocaran unas elecciones para elegir un nuevo presidente y una nueva junta directiva. Esta fecha fue el 12 de abril de 2008. Felip Portas asumió la presidencia del club, que en ese momento estaba prácticamente hundido. Fue el punto de inflexión de la entidad rojinegra.
En la temporada 2010-11, el Formentera ya era un equipo de referencia y quedó subcampeón de la Liga Regional. El público, poco a poco, volvía a acudir a las gradas.
El despegue
El primer gran éxito deportivo de la nueva directiva llegó en la temporada 2011-12. Se proclamó campeón de Liga de Ibiza y Formentera y el equipo acabó consiguiendo el ascenso a Tercera. Se apostó por Luis Elcacho entonces y el equipo, desde aquel curso, no ha fallado ningún año en el play off de ascenso a Segunda B.
La temporada 2014-15 fue una campaña histórica. El equipo se siguió reforzando y se proclamó campeón de Tercera por primera vez en la historia. Es el máximo trofeo conseguido por el club hasta ese momento. Como campeón del grupo balear de Tercera disputó por primera vez la Copa del Rey. Superó al Alcoyano en la primera ronda y perdió con el Barakaldo en la siguiente (3-1).
El curso pasado, el Formentera fue subcampeón de Tercera, pero logró el pase de nuevo a la competición copera porque el campeón fue el Mallorca B y los filiales no tienen acceso a ella.
Lo que nadie podía imaginarse es que ese pase a la Copa del Rey iba a conllevar la celebración del partido más importante en la historia del club. Bajo las órdenes de Tito García Sanjuán, que tomó el relevo de Elcacho, el equipo rojinegro superó las tres primeras rondas al dejar en la cuneta al Atlético Saguntino, el Lorca y el Tudelano. Eso significó que, ayer, se escribiera la página más gloriosa del club con el enfrentamiento contra el Sevilla, actual campeón de la Europa League.