Las numerosas ocupaciones eclesiásticas y de carácter social de Joan Marí Cardona no le impidieron desarrollar una ingente labor de investigación que fue recogida en un buen número de estudios históricos y sociológicos.
Su primera publicación (1976, en castellano) fue «La conquista catalana», primer volumen de la colección «Illes Pitiüses», editada por el Institut d'Estudis Eivissencs. El segundo fue «Els llibres d'entreveniments» (1981), en el que se recogen los apellidos de las familias ibicencas y formenterenses entre los siglos XVI y XVIII. Dos años después publica «Formentera», en el que narra el primer repoblamiento de la isla, en 1235, su despoblamiento en el siglo XIV a causa de la peste negra, y el definitivo repoblamiento en 1695.
En 1984 ve la luz «Balansat»; 1985, «Santa Maria d'Eivissa», con la historia del emblemático templo de Dalt Vila, hoy Catedral, y cinco años más tarde, «Portmany». De esta colección faltaba el volumen dedicado a Santa Eulària, cuya redacción tenía Marí Cardona muy adelantada.
En colaboración con el arquitecto Luis Cervera, aparece en 1981 «Els carrers i les places de l'Eivissa antiga»; en 1989, «Sant Ofici»; en 1995, «Pergamins i Índex Vella de Tarragona»; en 1992, «Calendari de festes de les Illes Balears i Pitiüses»; en 1993, «Els camins i les imatges de l'arxiduc, ahir i avui»; en 1993, «El llarg camí del pa a Formentera»; en 1993, «Esglésies d'Eivissa i Formentera»; en 1993, «Esglésies d'Eivissa i Formentera»; en 1994, «Formentera: documentació i paisatges», y en 1999, «Eivissa, passa a passa».
Por último, mencionar un trabajo pendiente al que dedicó muchos años, «Les famílies d'Eivissa i Formentera», en colaboración con Joan Planells Murtera.