Can Misses se sitúa en el tercer lugar de hospitales comarcales, dentro del grupo I, mejor valorados del Insalud en el año 2000 dentro del Plan de Calidad. En el ranking de hospitales comarcales del Insalud, que agrupa a 26 centros, Can Misses queda en el tercer puesto en comparación con otros hospitales. En el Plan de Calidad se pacta una serie de objetivos con cada uno de los servicios del hospital y se hace posteriormente una evaluación de la consecución de los logros en los diferentes servicios sanitarios que presta el centro hospitalario de Eivissa y Formentera. Los resultados se envían a Madrid donde se hacen las tablas comparativas y se obtienen los resultados.
Sobre una puntuación de cien, Can Misses ha conseguido 82 puntos. «Es una puntuación muy alta, fruto de que los indicadores se han trabajado bien», precisó el gerente de Can Misses, Ignacio Martínez, que se mostró satisfecho de los resultados. El Plan de Calidad de Can Misses, que se puso en marcha en 1997, ha dado muy buenos resultados en los últimos años. En 1999 el hospital quedó en primer lugar al obtener la máxima puntuación de los hospitales del Insalud.
El informe evalúa una serie de servicios sanitarios, como la información a pacientes y familiares; las listas de espera; el consentimiento informado, un documento que describe las intervenciones y complicaciones que pueden surgir a los pacientes que se sometan a una prueba médica o a una intervención quirúrgica; la tasa de infecciones; o la coordinación con el hospital de referencia, en este caso se trata de Son Dureta en Palma. Otro de los datos que evalúa el Plan de Calidad es el referente a las reclamaciones de pacientes sobre la atención o los servicios que el hospital presta a los usuarios de Eivissa y Formentera.