Las embarcaciones de recreo y los puertos deportivos de Balears incumplen las convenciones internacionales de gestión de residuos al no disponer de tanques de contención ni de instalaciones para la recepción de este tipo de restos. Carlos Duarte, del Institut Mediterrani d'Estudis Avançats (IMEDEA), ha explicado que en Balears existe contaminación de restos fecales, sobre todo en verano, en Portals Vells, playa del Mago, Illetes, Cabrera y es Freus d'Eivissa por la fortísima concentración de embarcaciones deportivas. Según Duarte, «en otros puntos también se detecta esta contaminación, pero, al tratarse de costas abiertas, es más dispersa».
En general, la calidad del mar balear es buena gracias a la implantación de sistemas de depuración de aguas. Sin embargo, la limpieza conseguida en algunas zonas se ve malograda por el denso tránsito de yates y embarcaciones deportivas que no cuentan con ningún sistema de gestión de residuos, incumpliendo las normativas al respecto. Duarte indica que «si alguna embarcación cuenta con este sistema, básicamente un tanque de contención, al llegar a un puerto deportivo no encuentra instalaciones de recepción de residuos. En estos casos, la embarcación no tiene otro remedio que verter sus residuos al mar».
Las aguas del mar balear no son de las más contaminadas del Mediterráneo, pero sí sufren algunas amenazas tanto internas como procedentes del conjunto del Mare Nostrum. Duarte indica que «pese a que en las Islas se ha alcanzado un alto nivel de depuración, siguen funcionando algunos emisarios submarinos, aunque la Administración suponga que ya no están activos».