El grupo ecologista Amics de la Terra ha presentado 14 alegaciones en contra de la reordenación del puerto de Vila al considerar que Autoritat Portuària ha tramitado el plan de forma ilegal, «disfrazándolo mediante la estrategia de presentar proyectos de manera separada». Amics de la Terra aclara que el proyecto que defiende Autoritat Portuària forma parte del antiguo Plan Especial del Puerto de Eivissa del año 1992, declarado ilegal por el Tribunal Superior por su tramitación incorrecta.
La formación ecologista ha presentado hasta 14 alegaciones en contra del proyecto de reordenación del puerto al considerar que provocará nuevos problemas como los impactos del tráfico de vehículos y mercancías pro zonas turísticas y residenciales. En este caso hacen referencia al «impacto sonoro, la saturación de vehículos y las molestias del incremento del tráfico rodado que tendrá que pasar por delante de hoteles por el vial de la Avinguda 8 d'Agost». «No sólo se producirá un notable incremento del tráfico rodado sino que éste será pesado y supondrá un severo deterioro de la calidad de la vida de los habitantes», señala la documentación remitida a Autoritat Portuària. Por otro lado, también destacan que esta avenida está situada al lado de la zona húmeda protegida de Ses Feixes, «lugar de importancia patrimonial y ambiental».
En relación a los efectos negativos para la biodiversidad y el ecosistema marino, Amics de la Terra resalta las obras supondrán la desaparición de la pradera de posidonia oceánica existente en el puerto: «La superficie de la explanada será de 6'9 hectáreas y además se colocarán dos diques adyacentes, lo que supondrá la desaparición de unas siete hectáreas de fondo marino donde se ha detectado la presencia de pradera». Ante la posibilidad de transplantar la posidonia oceánica o la replantación de ésta a través de semillas germinadas, tal y como figura en el anteproyecto, Amics de la Terra apunta que es una medida correctora «poco realista ya que las experiencias de reimplantación no han dado buenos resultados», según figura en la documentación presentada.