Un informe del catedrático de Ciencia de la Computación e inteligencia artificial de la Universidad Carlos III de Madrid José Manuel Molina revela que el CD que aportó Roque López con las grabaciones de sus compañeros en las que se hablaba de presuntas comisiones podría haber sido modificado previamente, ya que no se cuenta con el archivo mp3 original. «La información digital contenida en el fichero original de audio -en este caso, las conversaciones que se dicen mantenidas- puede haber sido modificada digitalmente antes de ser copiada en los soportes existentes mediante programas fácilmente accesibles en internet sin que quede rastro de tales modificaciones en los ficheros copiados», explica este experto en su informe, en el que también se citan las posibilidades de algunos programas informáticos, que permiten «comprimir mp3, normalizar el sonido, recortar trozos o fragmentos y exportarlos en formato mp3 con alta calidad». Estos programas también posibilitan «editar y modificar el audio del mp3, normalizarlo (estabilizar el sonido para que sea uniforme), pausar o detener, suavizar, etc».
El catedrático explica que el informe pericial que hizo en su día la Policía Científica tiene conclusiones muy claras: que no se observan indicios de alteración posterior en el CD y que unos CD's son iguales a otros. Pero el experto matiza que aunque no haya cortes ni interrupciones, el problema es que no se puede concluir que los CD existentes son «fiel reproducción de las conversaciones grabadas» porque no existe el archivo mp3 original y «hay programas especializados que eluden el análisis oscilográfico posterior al evitar discontinuidades de la señal, ya que permiten una modificación de la señal con un extraordinario nivel de detalle».
Este informe fue solicitado por la abogada del PSOE pitiuso y del alcalde de Sant Josep, Josep Marí Ribas, Agustinet, Ascensión Joaniquet. Este documento fue admitido por el juez pero recurrido posteriormente por el abogado de López ante la Audiencia.