La temporada 2008/09 tendrá por primera vez en la historia tres equipos de Balears en Segunda B con el Eivissa, la Peña Deportiva y el Atlétic Balears, aunque habrá que ver en qué grupo quedarán finalmente encuadrados. El gran número de equipos andaluces que militarán en el grupo IV (hasta quince) y el ascenso de tres equipos murcianos, que hacen que sean seis de esta Comunidad, obligan a hacer un nuevo reparto en algunos de los grupos para cuadrar las cosas.
En el grupo IV, siguiendo la estructura de la pasada temporada, habría ahora un total de 25 equipos: los 15 andaluces (los descendidos Cádiz, Granada 74 y Poli Ejido; Granada, Jaen, Lucena, Betis B, Portuense y Marbella, que siguen de la pasada campaña; y los ascendidos San Fernando, Bal. Linense, Roquetas y Antequera), 6 de Murcia (Cartagena, Àguilas, Lorca y los ascendidos Murcia B, Sangonera y Ciudad de Lorqui), uno extremeño (Mérida), un castellano-manchego (Puertollano) y Ceuta y Melilla. Mientras tanto, en el grupo I (canario, madrileño, gallego y asturiano) hay 20 equipos, por los 16 del grupo 3 (vasco, castellano-león, castellano-manchego, riojano, navarro y quizá el cántabro Racing B, recién ascendido). Mientras, en el grupo 3, actualmente hay 19 equipos. Los tres baleares (Eivissa, Peña y Balears), ocho catalanes (Gavá, Gramanet, Badalona, Lleida, Sabadell, Terrassa, Barcelona B y Sant Andreu) y ocho de la Comunidad Valenciana (Benidorm, Orihuela, Ontinyent, Alcoyano, Villarreal B, Denia, Alzira y Valencia Mestalla).
Con estos datos, los dirigentes de la Federación Española de Fútbol tendrán que hilar fino para reestructurar la categoría, aunque lo que parece claro es que los equipos murcianos no jugarán en el grupo 4 y podrían irse al tercero, con el consiguiente cambio para los equipos ibicencos.