Fue gracias a la inestimable labor de José Costa Guasch, cura de Sant Ferran, en 1966-67, cuando comenzaron a darse los primeros pasos y a realizarse las oportunas gestiones para la creación de la SD Formentera.
No sería, sin embargo, hasta el 7 de septiembre de 1971, año de fundación del club, cuando se constituyó la primera junta directiva, siendo su presidente Antonio Torres Torres y su primer entrenador Josep Costa Guasch. Inmediatamente se acordó la inscripción de la SD Formentera en la Federació de Futbol de les Illes Balears (FFIB) y su participación en la liga de aficionados de Ibiza en las categorías de primera regional y juveniles, adoptándose para la SD Formentera una equipación compuesta por pantalones negros, camiseta roja y medias negras, colores que se conservan vigentes a día de hoy.
A nivel deportivo, las mayores logros alcanzados por el club rojinegro en la década de los 70 fueron el campeonato de la Liga de aficionados de Ibiza en la temporada 1977-78 y el ascenso a Tercera División en la temporada 1978- 79.
A lo largo de los años el club fue experimentando una importante transformación, pero en 2004 comenzó a entrar en una dinámica negativa. Fueron unos años difíciles, sin motivación entre los jóvenes y sin apenas aficionados en el campo en los días de partido, lo que provocó que algunos de sus entrenadores dejaran sus equipos. De hecho, en 2007 la junta directiva fue disuelta.
El 2 de septiembre de 2007, una gestora se hizo cargo del club hasta que se convocaran unas nuevas elecciones. Esa fecha fue el 12 de abril de 2008. Felip Portas asumió entonces la presidencia del club, que en ese momento estaba prácticamente hundido. Fue el punto de inflexión de la entidad rojinegra, ya que, tras unos años de reconstrucción, en la temporada 2010-11, el Formentera ya era un equipo de referencia que se alzó como subcampeón de la Liga Regional. El público, poco a poco, volvía a acudir a las gradas y a identificarse plenamente con el equipo.