Nacida en 1789 para centralizar todos los encargos de grabado que realizaban las diversas Secretarías de Estado, la Calcografía Nacional se instaló en un anexo de la Imprenta Real. Los motivos de esta decisión, además del descrito, fueron varios. Se pretendía abaratar los costes de estampación y poner en marcha los proyectos desarrollados como consecuencia de la política ilustrada. Además, la Calcografía Nacional tenía la obligación de estampar de nuevo, si era necesario, todas las planchas de cobre grabadas por orden del Rey en la Imprenta Real.
Tras abandonar el edificio de la Imprenta Real, y después de sucesivos traslados, la Calcografía se instaló en la que aún hoy es su sede: el Palacio de Goyeneche, en el que se encuentra también la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.
Los fondos de esta institución contienen actualmente siete mil quinientas láminas de cobre, zinc y acero de los principales grabadores españoles, como Ricardo Baroja, Pablo Picasso, Manuel Salvador Carmona, Mariano Fortuny Marsal y Carlos de Haes, entre otros.
Pero sin duda, la joya de la corona de la Calcografía Nacional son las láminas de cobre grabadas por Francisco de Goya, que incluyen las series de los «Disparates» y de los «Desastres», entre otras. En base a un acuerdo con la Real Academia de San Fernando, estas láminas han dejado de ser estampadas, figurando, como obras maestras del grabado, en exposición permanente en el Gabinete Francisco de Goya, creado en la Calcografía Nacional en 1990.