En la actualidad unas 2.000 aves escogen los espacios naturales de Eivissa y Formentera para anidar durante los meses de invierno. Según se destaca en el último censo elaborado por el Grup d'Estudis de sa Naturalesa (GEN-GOB), en las islas conviven en la actualidad unas 30 especies diferentes de aves, la mayoría concentradas en la Reserva natural de ses Salines. Este es el principal espacio de hibernación de aves, con 975 individuos de 24 especies diferentes en Eivissa y 9 especies en Formentera. En los últimos años, el número de especies que anidan en la zona ha crecido y así, de los 335 individuos censados en el año 96 se ha pasado a los 1.025 contabilizados este año. En Formentera, la cifra actual ronda los 1.002 pájaros.
Como especies destacables, el GEN menciona en su memoria, la existencia de una pareja de cisnes vulgares, en la bahía de Eivissa, los flamencos de ses Salines, además de una importante colonia de cabusets, Podiceps nigricollis, que anidan en el espacio del Estany Pudent, la zona más importante de concentración de esta especie en el estado español. El censo ha tenido en cuenta los espacios naturales de la reserva de ses Salines, la balsa de sa Rota, las bahías de Sant Antoni y Eivissa, ses Feixes y la desembocadura del río de Santa Eulària.