Formentera Mar aún no ha pagado una indemnización de más de 50.000 euros que le fue impuesta por el juzgado de instrucción y primera instancia número 4 de Eivissa en julio de 2001, para la que tenía un plazo de diez días para realizar el ingreso, bajo apercibimiento de apremio.
Esta sentencia, de fecha 18 de julio de 2001, obligaba a Nicolás Mayol Comas, como máximo responsable de Formentera Mar, a indemnizar en concepto de daños y perjuicios a Gerónimo Martín, a quien la empresa había alquilado un local para que instalara un restaurante. Sin embargo, a los pocos meses de la puesta en funcionamiento del local Formentera Mar cortó el suministro eléctrico y de gas aduciendo la falta de pago del alquiler, a pesar de que había un importante remanente de los dos millones de pesetas que Martín había pagado inicialmente.
Con posterioridad, el 14 de noviembre el juzgado dictó la orden de embargo de una finca de Nicolás Mayol en Palma de Mallorca para hacer frente a la deuda pendiente. Sin embargo, Mayol no ha pagado los más de 50.000 euros ni se ha ejecutado la orden de embargo de la finca como ordenó el juzgado de instrucción de Eivissa. La finca en cuestión es un edificio industrial situado en el polígono de Son Castelló cuya superficie construida es de 208'245 metros cuadrados, de la que Mayol es propietario del pleno dominio por título de compraventa con carácter privativo.
Aparte de esa sentencia y posterior embargo, Formentera Mar está pendiente de la sentencia por la querella criminal por estafa presentada por los abogados de Gerónimo Martín, arrendatario desde julio de 1997 de dos locales del Edificio B de la ampliación del puerto de la Savina, originalmente previstos como sede de la Cofradía de Pescadores, en los que instaló el restaurante S'Ancora d'en Gerónimo. Estos locales fueron alquilados sin que Formentera Mar los tuviera adjudicados por la Autoritat Portuària. Asimismo, en la denuncia se resalta que en esos momentos no estaba aprobado el Plan Especial del Puerto de la Savina, por lo que no podía obtenerse la licencia correspondiente a la explotación del local, circunstancia de la que Martín tuvo conocimiento a posteriori.
Formentera Mar tuvo que abonar recientemente otra multa por valor de 34.111 euros por una infracción urbanística grave consistente en haber iniciado y realizado construcciones en la zona portuaria de la Savina sin licencia municipal.