Al agua estancada de s'Estany Pudent, se atribuían las fiebres terciarias que las familias de las inmediaciones sufrían constantemente. Por eso, a mitades del siglo XIX, el obispo de Eivissa y Formentera, Basilio Antonio Carrasco, ordenó que se abriese una comunicación con el mar, denominada sa Sèquia, una obra que pagó en gran parte de su propio bolsillo ya que se trataba de una época de penurias para la mayoría de la población formenterense. Sin embargo, las mejoras realizadas con fines higiénico sanitarios, a la par que para poder pescar en s'Estany Pudent, no fueron finalmente para el bien general de la isla, como quería el obispo Carrasco, sino que sólo fueron para las conveniencias de la sociedad Wallis y Compañía que compró el estanque en 1867.
En los archivos correspondientes al siglo XVIII jamás se menciona que tuviera algún propietario o titular, pero tras un complejo proceso, el Estado inscribió como suya la finca de s'Estany Pudent, argumentando que había sido de la Iglesia (lo que jamás ha podido documentarse) y que en consecuencia había quedado incluida en las leyes de desamortización de Mendizábal por lo que no tuvo dificultades para venderla a una empresa privada. Así, todo el estanque fue vendido a la sociedad Wallis y Compañía de Eivissa en 1867, justo cuando sa Sèquia ya estaba construida. El arxiduc Lluís Salvador, al mencionar dicha compra según señala Joan Marí Cardona, dice que la compañía propietaria no había dejado de hacer mejoras en el estanque, hasta convertirlo en un importante centro de piscicultura digno de visitarse.
En 1891 se disolvió la sociedad Wallis y Compañía y la propiedad de s'Estany Pudent pasó a Ignasi Wallis Llobet, por división de bienes y derechos heridatarios. En 1897 lo vendió a la sociedad Salinas de Ibiza, con domicilio en Palma de Mallorca, que al mismo tiempo compró las salines de Formentera y can Ferrer de l'Estany a Antoni Marroig Bonet propietario de las mismas desde 1873 y 1878 respectivamente. A finales de siglo volvió a taparse, se ignora si natural o artificialmente, por lo que se produjo un rebrote de fiebres que decidió a las autoridades a obligar a Salinera Española que abriese y limpiase sa Sèquia inmediatamente. En la actualidad la comunicación sigue abierta.