Todo comenzó en 1999 cuando el recién estrenado ejecutivo progresista anunció su intención de recuperar un proyecto que ya se había debatido en gobiernos del PP, la implantación de un impuesto turístico que permitiera recaudar fondos para la modernización de las zonas turísticas y la preservación del medio ambiente en las Illes Balears. Según los progresistas, esta medida permitiría mejorar la calidad de la oferta turística de la comunidad, además de invertir en la mejora de Patrimonio y en los sectores económicos menos favorecidos, como la agricultura. A pesar de estos argumentos, el proceso de negociación que abrió el ejecutivo balear con los empresarios durante el año 2000 fracasó estrepitosamente y se rompieron las relaciones entre ambas partes. En junio del 2001 el Parlament aprobó la ecotasa con la oposición de los populares. Sólo un mes después el gobierno de Aznar presentó un recurso de inconstitucionalidad alegando doble imposición con lo cual el impuesto se tuvo que suspender cautelarmente. La medida fue acogida de forma muy positiva por los empresarios de las Balears que consideraban injusta y discriminatoria esta tasa ya que iba a gravar como media con un euro diario a los turistas nacionales y extranjeros que se alojasen en instalaciones turísticas de las Islas dejando de lado al turismo residencial y a la oferta ilegal.
Por otra parte, el sector con más peso en la economía balear consideraba que el tributo estaba mal planteado ya que se debería haber cobrado en puertos y aeropuertos, y además convertía a los empresarios en recaudadores de impuestos. Asimismo, las patronales turísticas temían que la ecotasa conllevase un encarecimiento del producto balear con la consecuente pérdida de competitividad frente a otros destinos mediterráneos.
En enero del 2002, el Constitucional levantó la suspensión cautelar, a la espera de una decisión definitiva. Entre ese mismo mes y marzo, teniendo en cuenta los bajos niveles de reservas, se abrió un debate para aplazar el impuesto turístico, que en un principio se quería empezar a cobrar en mayo. Una vez más fracasaron las negociaciones del Govern del Pacte con el sector turístico, y en concreto con la patronal de touroperadores, y el ejecutivo decidió empezar a aplicar la ecotasa en mayo. Desde el 1 de ese mes los alojamientos turísticos, en función de su categoría, empezaron a cobrar por este concepto entre 0,25 euros, en el caso de los agroturismos, y dos euros en los hoteles de cinco estrellas. Un año y dos meses después, con la llegada del PP al poder, ha llegado el fin para este controvertido impuesto.