Este protocolo establece que la ejecución la deberá impulsar el Consell Insular de Eivissa, que será la institución encargada de rehabilitar el edificio de la antigua Casa de Sanitat y gestionar el museo; el Ayuntamiento de Eivissa cede el uso del edificio, APB hace una concesión administrativa para poder utilizar los distintos espacios del puerto y el Govern Balear se compromete a colaborar económicamente. Todavía no se han fijado plazos ni presupuestos.
Según ha explicado Antonio Nicolau, responsable de la redacción del primer anteproyecto, el Museo del Mar y la Pesca será un centro “innovador”, dado que su espacio expositivo y elementos gráficos estarán distribuidos entre el edificio de la antigua Casa de Sanitat, el muelle de ' el Muro' y el paseo del puerto. El edificio contendrá los elementos expositivos divididos entre sus tres plantas: en la primera planta estará situada la recepción y una muestra audiovisual, mientras que en la segunda y la tercera planta habrá exposiciones temáticas que cambiarán anualmente.
En la lámina de agua frente a la plaça de sa Riba estarán amarradas embarcaciones tradicionales tanto de instituciones como de particulares con textos explicativos, mientras que en todo el muro habrá gráficos que expliquen técnicas de navegación, modalidades de embarcaciones, técnicas de pesca…
Además, a lo largo del paseo se dispondrán lo que Nicolau ha llamado “estaciones expositivas”, puntos en los que se explicará a través de elementos gráficos y texto aspectos de la vida y la historia del puerto. “Una estación podría ser sobre la historia de los corsarios frente al monumento dedicado a ellos, o a lo largo del paseo sobre la relación entre el comercio y el puerto de Ibiza” ha ejemplificado.