Ya han pasado 25 años. Un cuarto de siglo desde que dos equipos decidieran unir sus fuerzas para formar un sólo club que participase en las competiciones insulares en mejores condiciones. Los años setenta no eran tiempos fáciles para el fútbol pitiuso, sino se tienen en cuenta a los que ya por aquel entonces eran clubs con buena implantación: Peña Deportiva, SD Ibiza y SD Portmany.
Dos equipos distintos, Sant Joan y Cala de Sant Vicent, decidieron formar uno sólo, debido a los problemas que tenían, ambos, para entrenar en condiciones en un buen sitio y de encontrar suficientes jugadores. Desde entonces, aquel grupo de amigos y aficionados al fútbol ha ido aumentando como el único club que representa a todo el municipio de Sant Joan.
Los primeros responsables de lo que se dio en llamar Peña Independiente para, como su propio nombre indica, no recordar a ninguno de los dos clubs que se fusionaron en 1975, decidieron dejar las ligas amateurs. Para apuntarse a las primeras ligas oficiales, antes de llegar, años más tarde, a las federadas. La primera de aquellas ligas organizadas se llamaba Educación y Descanso y en ella inició su andadura la nueva entidad.
El primer presidente de la Peña Independiente, con junta directiva constituida, fue Cosme Marí, en 1978 (antes se había regido de forma informal). A Marí le sucedió Joan Torres Marí, cofundador y actual concejal de Deportes de Sant Joan, mientras que el tercer y actual presidente es Juan Antonio Marí.
Al principio el nuevo club jugaba sus partidos como local en los campos del Polideportivo Isla Blanca, cuyo alquiler del terreno de juego se abonaba entre todos los jugadores. Después, un campo 'artesanal' fue la sede del equipo durante dos años, hasta que en 1979 tres vecinos de sa Cala de Sant Vicent cedieron unos terrenos para hacer el campo. Allí estuvo hasta 1987, cuando se construyó el campo municipal de Sant Miquel donde juega la Peña Independiente en la actualidad.