Ses Salines de Eivissa y Formentera son uno de los espacios naturales más amenazados del Estado, según el estudio realizado por la Sociedad Española de Ornitología (SEO-Birdlife). Esta organización, integrada dentro de una de las mayores asociaciones ecologistas del mundo, ha elaborado un listado de los 33 «puntos negros» para la conservación de las aves, entre los que figura ses Salines.
Entre los principales problemas que padece la Reserva, SEO-Birdlife cita «la fuerte presión urbanística en Eivissa, donde proliferan las casas ilegales y hay varios proyectos de urbanizaciones». Los ecologistas también denuncian la existencia de numerosos tendidos aéreos en la reserva, «que causan la electrocución y colisión de aves como el águila pescadora, el flamenco o la cerceta pardilla, entre otras especies». Precisamente, la semana pasada Gesa comenzó a soterrar uno de los tendidos más problemáticos, el de es Codolar, gracias a una subvención de Parques Nacionales requerida por la dirección de la Reserva.
Otro de los motivos de preocupación de SEO-Birdlife es la caza furtiva y «la presencia incontrolada de turistas, que producen molestias a las aves reproductoras». Los ecologistas destacan, además, el expolio de huevos y pollos de pardela balear en el islote de s'Espardell.
Las obras de mantenimiento de las salinas de Eivissa, con maquinaria, también causan molestias a las aves invernantes. Finalmente, SEO-Birdlife resalta el conflicto entre la administración central y la balear por la gestión de ses Salines, pendiente de una sentencia del Tribunal Constitucional que con toda seguridad dará la razón al Govern de las Islas.