El 31 de julio de 1999, después de 20 años de gobierno del Partido Popular, la izquierda conseguía hacerse con la gestión de la máxima institución insular, tras haber ganado las elecciones gracias a un pacto en el que participaron las cinco fuerzas progresistas de las Pitiüses. Pilar Costa se convertía en protagonista por partida doble porque al hecho de presidir el primer gobierno progresista del Consell se le unía otra circunstancia, convertirse en la primera mujer que accedía a este cargo.
Un año después, la presidenta del Consell asegura «sin triunfalismo», que se han puesto los pilares para el desarrollo de una política de izquierdas, según Costa, mucho más sensible con los problemas sociales o con la participación ciudadana en determinados foros de debate y decisión. Pilar Costa explicaba que, a pesar de que en un año «no se pueden cambiar todas las cosas», se han dado pasos importantes como es el caso, según detallaba la presidenta, de «la creación del Fons Pitiús de Cooperació o la firma de un Pacto por el Empleo». El balance que realiza Costa de su primer año al frente del gobierno insular destaca también por la puesta en marcha de medidas cautelares para la protección del medio ambiente insular. La recién aprobada moratoria urbanística es, en este caso, el ejemplo más evidente de la gestión realizada por el Pacte.
El balance que ha realizado Pilar Costa tras un año al frente del gobierno contrasta con las reiteradas valoraciones y acusaciones lanzadas desde el grupo de la oposición. El Partido Popular destaca que, un año después del cambio de gobierno, no se ha producido ninguna decisión «importante para las islas» y se destaca, además, que el Consell funciona «por inercia y no por la gestión que se realiza desde el equipo de gobierno». Desde el principal grupo de la oposición se insiste en criticar «el desgobierno» que sufre la institución insular desde la llegada del nuevo equipo. Al margen de las valoraciones acerca de la gestión política que hacen tanto gobierno como oposición, el primer aniversario de la toma de posesión del Pacte ha estado marcado por el enfrentamiento interno ocurrido entre los miembros del equipo de gobierno a raíz de la política ambiental desarrollada por los progresistas.
Las continuas acusaciones entre miembros del Pacte sobre las decisiones del Consell en temas urbanísticos provocó que, finalmente, Els Verds, y en concreto, su conseller, Joan Buades, plantara cara al equipo de gobierno y protagonizara un serio enfrentamiento en el seno del gobierno progresista. La crisis iniciada a principios de abril acabó con la fulminante destitución del conseller ecologista en un intento de Pilar Costa por controlar la crisis y reconducir la situación creada en el seno del Pacte. Hasta hoy, el gobierno de Costa gestiona la institución sin contar con la mayoría suficiente para garantizar el desarrollo de sus propuestas y, de hecho, los votos de Buades impidieron, por ejemplo, crear un puesto de Coordinador para la Conselleria d' Esports. En mayo, poco antes de cumplirse un año desde el triunfo electoral, Pilar Costa presentó la reorganización de su equipo, un gobierno que espera mantenerse firme hasta la próxima convocatoria electoral.