El Gobierno central no prevé una eventual equiparación del Plus de Insularidad de los funcionarios del Estado en Balears con los de las islas Canarias, tal y como mostró en respuesta parlamentaria al senador por las Pitiüses Antoni Marí Marí, quien criticó que el Estado «no tiene ni el más mínimo interés por este hecho y, una vez más, no ha cumplido sus promesas». En este sentido, recordó que durante la legislatura del Pacte Progressista, «se hizo mucha propaganda para la equiparación del plus de insularidad», por lo que, en su opinión, el Ejecutivo de José Luis Rodríguez Zapatero «está manipulando a los funcionarios».
A lo largo del año 2004, y acogiéndose a lo previsto en la disposición Adicional Duodécima de la Ley 62/2003, de 30 de diciembre, de Medidas Fiscales, Administrativas y del Orden Social, el Gobierno analizó las condiciones que determinan la fijación de las indemnizaciones por residencia del personal activo del Sector Público Estatal destinado en les Illes Balears y en las ciudades de Ceuta y Melilla. Según argumenta el Ejecutivo Central en su respuesta parlamentaria, «una vez modificadas las cuantías de la indemnización por residencia en Ceuta y Melilla por Acuerdo de Consejo de Ministros de 6 de febrero de 2004, se procedió al estudio de las condiciones que determinan las cuantías de la indemnización por residencia en las Balears habiéndose llegado a un acuerdo con las centrales sindicales representativas en el sector público, en el marco de lo previsto en el Foro para el Diálogo Social en las Administraciones Públicas».
Tras el Acuerdo con las centrales sindicales, y remitida la correspondiente propuesta al Consejo de Ministros, éste adoptó un Acuerdo, con fecha 29 de abril, que tiene efectos económicos desde el 1 de septiembre de 2005, en el que se contempla un incremento de la indemnización por residencia del personal en activo del sector público destinado en Balears, previéndose un tratamiento diferenciado entre Mallorca y las restantes islas, siendo mayor el incremento aprobado para las islas d'Eivissa y Formentera».