El Diagnóstico de la agricultura ecológica en Baleares revela que el uso de fertilizantes generados en la propia finca es mucho más escaso en Ibiza y Formentera que en Mallorca o Menorca. Mientras que en las Pitiusas el uso de fertilizantes propios se sitúa en el 32 %, en Mallorca alcanza el 67 % y en Menorca llega a ser del 93 %.
Esta situación está generada, aparentemente por el peso limitado de la ganadería en las Pitiusas. En el cuadro de tipologías de abonos se aprecia cómo en el caso de Ibiza y Formentera se utilizan mayoritariamente abonos orgánicos comerciales, mientras que en Mallorca es el estiércol ovino y en Menorca el estiércol de ganado vacuno.
El informe señala en sus conclusiones que la falta de disponibilidad de abonos y compost en las fincas, en un momento de crecimiento, es un problema que debe abordarse de forma estratégica.
Las fincas ecológicas no tienen necesariamente que declarar su ganado en ecológico, pero a pesar de ello es muy notoria la baja cantidad de ganado en ecológico, inexistente en Formentera mientras en Ibiza hay 241 cabeza de ganado ovino por 2.195 en Menorca, por comparar una escala similar. En Mallorca hay 19.717 ovejas ecológicas.
En Ibiza no hay ganado bovino o caprino registrado en ecológico, pero sí destaca el volumen de gallinas, que es de 2.353. El uso de gallinaza en las fincas ecológicas ibicencas llega a ser del 10 %, pero se sitúa lejos del uso de fertilizantes de procedencia animal de las demás islas.