La Guardia Civil es la responsable final de que no entren objetos peligrosos en los vuelos que van a despegar de Eivissa o que personas no controladas accedan a los aviones, tarea que se compagina con los servicios de extranjería y documentación que lleva el Cuerpo Nacional de Policía. Este último cuerpo también se encarga de que no halla disturbios en el recinto antes de que los pasajeros embarquen. La propia Guardia Civil, a tal fin, prevé que sus agentes controlen no sólo los accesos al aeropuerto y la aduana sino también lo que ocurra en la zona de embarque [supervisando a los vigilantes que están en los detectores] y en las pistas aeroporturarias. Este sistema está sufriendo «huecos» después de que un mismo guardia, que, además puede desempeñar por su graduación o antigüedad la tarea de jefe de turno, tenga que ocuparse a la vez de servicios incompatibles por no poder atenderlos a la vez.
Ello se atribuye a que los guardias asignados al aeropuerto son comisionados para asistir a otras funciones, como la cárcel o protección de explosivos, por la carencia de otros efectivos para cumplir con estas últimas misiones. Así también se han dado casos de que se haya recurrido a agentes del aeropuerto para reforzar los controles en dispositivos antidrogas en alrededores de discotecas y en operativos similares.
Según la información recogida por este periódico, el servicio que estableció la propia Benemérita se basó en un mínimo de cinco guardias para cubrir los puestos. Ahora estos mismos servicios se realizan con la presencia de dos o tres agentes. También se han dado casos en los que los agentes que estaba cubriendo el servicio de arcos (en los detectores de embarque) o bien el que estaba en aduanas ha tenido que dejar desatendida su guardia por la aparición de maletas sospechosas en las bodegas. Los saldos también han supuesto de que se suspendiera el servicio estable de vigilancia en pista.