El GOB, a través de uno de sus portavoces, Xicu Mayans, señala que el período de exposición en plena temporada turística «denota la voluntad de ocultar el documento y negar cualquier participación social real». También indicó que desde el punto de vista ético «se habría tenido que realizar un nuevo avance, sometiéndolo a debate público».
Desde el GOB se señala que el PTI no analiza la realidad actual poblacional, viviendas construidas y número de plazas residenciales y turísticas que tiene la isla. Tampoco establece ni define cuál es la capacidad de carga poblacional y turística que puede soportar. En definitiva, para el GOB, el PTI lejos de ser un plan estratégico de futuro es «una simple herramienta urbanística no fundamentada en el estudio riguroso de las condiciones de las islas», señaló Xicu Mayans a la vez que apuntó «los numerosos puntos de diagnóstico y de evaluación ambiental del PTI referentes a problemáticas ambientales sociales y paisajísticas que no se traducen en acciones en la fase de propuestas».
El GOB de Formentera acusa a los redactores del documento que debe poner orden en el conjunto normativo urbanístico de las Pitiüses de consolidar el uso residencial y especialmente turístico de la práctica totalidad del suelo rústico. El GOB aboga por la preservación de los ANEI como inedificables y la delimitación de las zonas AANP. Asimismo, los ecologistas remarcan la contradicción de que el PTI sea menos proteccionistas que las actuales normas subsidiarias de Formentera, y destacan que la isla «presenta unas dimensiones más reducidas [que Eivissa] y la percepción de saturación del territorio es mayor, por lo que se establecen parcelas mínimas inferiores a las de Eivissa.
Otras alegaciones presentadas por el GOB de Formentera contra el PTI hacen referencia a la doble vía marítima, que consideran inncesaria, a la ampliación del puerto de la Savina que califican de «innecesaria», o a la ampliación de la carretera principal entre la Savina y la Mola por cuanto «entendemos que lo necesario va en la dirección opuesta al que establece la norma 51 del PTI, ya que es preciso ajustar el volumen del tráfico a los niveles que la isla pueda soportar y no ir ensanchando las vías eliminando los límites al continuo aumento de tráfico».