La segunda etapa del Tour´99, disputada entre las localidades de Challans y Saint Nazaire, en la costa del Atlántico, supuso un varapalo para el equipo Banesto al perder su líder, el suizo Alex Zuelle, más de seis minutos y un día de gloria para el belga Tom Steels, ganador al «sprint» de la etapa y el estonio Jan Kirsipuu, que pasa a ser el líder de la carrera.
Alex Zuelle y su equipo, el Banesto, fueron los grandes perjudicados en una etapa que no parecía entrañar grandes riesgos, pero que se complicó debido a la estrecheces de las carreteras y las habituales «montoneras» que en esta ocasión pillaron a uno de los habituales como es el suizo.
Tom Steels se llevó la victoria en un «sprint» un tanto atípico debido a la falta de preparación, pues los grandes especialistas, los Mario Cipollini y Erik Zabel, llegaron muy justos al tramo final, circunstancia que aprovecho Steels para llevarse el triunfo.
Los 176 kilómetros del día, entre Challans y Saint Nazaire, fueron recorridos por Steels en un tiempo de tres horas, 45 minutos y 32 segundos, el mismo tiempo que una treintena de corredores que conformaban un primer pelotón en el que estaban, entre otros, varios de los favoritos para los puestos de honor final.
La etapa tuvo una salida muy tranquila debido a la lluvia y también a la dificultad de las carreteras estrechas y sinuosas que no alteraron el desarrollo de la etapa hasta que comenzaron a producirse las caídas, afortunadamente ninguna de ellas peligrosa, pero si decisivas. A falta de unos 70 kilómetros para la línea de meta, en una carretera que denominada por los franceses como la de «los dos mares», se produjo una «montonera» que cortó en dos al pelotón.
En el primer grupo entraban la totalidad de los favoritos excepción del suizo Alex Zulle. Ese accidente, sin consecuencia, marcaba el desenlace final de la etapa y, posiblemente, descartaba a algunos de los que partían como favoritos caso del mencionado Zulle, el italiano Gotti, reciente ganador del Giro y del holandés Boogard. Una caída que daba a la etapa un aire especial, a pesar del que soplaba en algunos tramos de la zona, pues ONCE Db no dudo en avivar el ritmo lo mismo que hicieron los componentes de los equipos «sprinters» en sus filas y también el del líder Lance Armstrong.